Для прошивки AVR микроконтроллеров почти всегда использовал программу AvrUsb500 by Petka и тчуть реже AVR Studio. Хорошо писалось, но однажды адаптер FTDI FT232RL перестал с ними работать. Я нашел альтернативный вариант - программу для прошивки AVR - Khazama AVR Programmer и USBasp V2.0. Программа очень простая, интуитивно понятная.